یکی از محورهای اصلی برنامه‌های این ستاد، جلوگیری از خام‌فروشی و افزایش ارزش افزوده محصولات گیاهان دارویی از طریق توسعه و تکمیل زنجیره ارزش است. در همین راستا، تمرکز ویژه‌ای بر سه گیاه راهبردی زعفران، گل محمدی و زیره قرار گرفته است.

بررسی‌های انجام‌شده نشان می‌دهد یکی از چالش‌های مهم صنعت گیاهان دارویی در کشور، نبود زنجیره توانمندی منسجم از مرحله تولید نهاده استاندارد تا فرآوری و برندسازی است. این در حالی است که برخی از محصولات گیاهی کشور از ظرفیت‌های اقتصادی بسیار بالایی برخوردارند. برای نمونه، زعفران سالانه بین ۴۰۰ تا ۵۰۰ میلیون دلار ارزآوری برای کشور دارد، اما در صورت تکمیل زنجیره ارزش و توسعه فرآوری‌های پیشرفته، این ظرفیت می‌تواند دست‌کم تا سه برابر افزایش یابد.

در حال حاضر زعفران ظرفیت تولید بیش از ۱۰۰ فرآورده دارویی، غذایی و آرایشی را دارد، اما بخش قابل توجهی از این محصول همچنان به صورت سنتی کشت، برداشت و صادر می‌شود. در مورد گل محمدی نیز شرایط مشابهی وجود دارد؛ به‌طوری که ارزش اسانس استاندارد این گیاه در بازار جهانی بیش از ۵ هزار دلار برای هر لیتر است، اما به دلیل نبود زیرساخت‌های کامل فرآوری و استانداردسازی، بسیاری از محصولات داخلی با قیمت‌هایی بسیار پایین‌تر عرضه می‌شوند.

در کنار این محصولات، توجه به گیاهان مرتعی نیز از دیگر برنامه‌های این ستاد بوده است. یکی از نمونه‌های مهم در این حوزه گیاه آنغوزه است که برداشت آن در کشور عمدتاً به شکل سنتی و مقطعی انجام می‌شود. در چنین شرایطی بخش قابل توجهی از محصول خام با قیمت پایین توسط کشورهای همسایه خریداری شده و در برخی کشورها از جمله هند به ده‌ها فرآورده با ارزش افزوده بالا تبدیل می‌شود. در سال‌های اخیر اقداماتی برای توسعه کشت زراعی و تولید نشای این گیاه آغاز شده است تا ضمن کاهش فشار بر منابع طبیعی و ذخایر ژنتیکی کشور، امکان مدیریت علمی تولید نیز فراهم شود.